1、当水流通过电渗析隔板时，水中悬浮物和有机物黏附在膜面上，成为离子迁移的一层障碍，使膜电阻增加和水质恶化。另外，电渗析膜是细菌的有机养料，水中细菌在膜面上繁殖，也会产生上述后果。
2、悬浮物和有机物会在设备的水流通道和空隙中产生堵塞现象，造成水流阻力不均匀，使浓水室和淡水室中的水压不平衡，严重时会使膜面破裂。另外，水中挟带的砂粒会使膜产生机械性破损。
3、高价金属离子（如铁、锰）会使阳离子交换膜的离子选择透过性严重受损而中毒，游离氯会使膜产生氧化。进水硬度高时会导致电渗析器的极化（在通电过程中，靠近膜的溶液离子浓度会与整体溶液浓度发生较大差异的现象）和沉淀结垢，从而减少渗透面积，增加水流阻力和电阻，使电耗增加。
4、水中带极性有机物被膜吸附后，会改变膜的极性，使膜的选择透性降低，膜电阻增加。
5、对于填育床电渗析的影响因素，由于其对阴阳离子的迁移数是有限的，除运行中的电流、电压、流量以外，进水水质是十分重析的因素，特别是电导率、硬度、CO2、SIO2等指标须满足要求，才能保证长期、稳定、*运行。例如，进水硬度应小于1mg/L(以CaCO3计)，并应把微生物污染降至*低程度，通常应经紫外线杀菌处理。