1）垢物和污染物的防止
目的是防止垢物和污染物的形成，目前有以下几种方法。
（1）防止阴极沉淀生成的方法：①在电渗析器运行期间向极水中加酸，使极水的PH值控制在2~3；②在电渗析器运行期间定期倒换电极极性；③在电极和膜堆之间加保护框，以减缓阴极沉淀对膜堆的侵袭。
（2）防止极化及浓水室过饱和沉淀的方法：①严格控制操作电流密度，使整个电渗析过程控制在低于极限电流密度下运行；②采取有效易行的方法强化传质过程，提高装置的极限电流密度；③浓水系统中加酸，使PH值为3.4~3.5，但应考虑各部件耐酸问题；④在浓水系统中加隐蔽剂，把Ca2+、Mg2+隐蔽起来，防止其沉淀；⑤选择并采用特殊的离子交换膜除去原水中Ca2+，避免硫酸钙沉淀。
2）防止污染的方法
防止电渗析中膜污染的方法主要有：① 采用电凝聚、精密过滤、活性炭过滤等方法，控制进入电渗析器的原水中胶体和有机物的含量；②适当加厚电渗析器隔板厚度，并向隔室内导入空气泡，借助空气泡的搅拌和清洗作用将污染物质冲出隔室，防止其在膜面上沉积；③预软化进入电渗析器的原水。