由于水中离子在膜中的迁移速度大于在水溶液中的速度，而且，淡室膜面上离子的浓度，也总是低于溶液中的浓度。如果电流密度越高，浓度差也越大，当电流密度上升到某一数值时，膜面上的离子浓度会低到零，这时发生膜面上大量的电解现象，称为极化现象。
电渗析过程中产生的浓差极化，会产生很多不利因素和危害如下;
（1） 电阻增大，电流下降，除盐率下降;
（2） 浓水和淡水的pH发生变化，常称之为性中扰乱;
（3） 电流效率下降;
（4） 膜表面上出现沉淀或结垢，这主要在阴膜的浓水室以側。
由于极化淡水室的OH-富集在阴膜浓水以側，因此这滞流层 内溶液的pH值变大，呈碱性。同时，淡水室内的阴离子HCO-3、SO24-等迁过阴膜，也富集在这里，还有浓水室中的硬度离子也被阻挡在这滞流层中，这样由于这些正负离子的离子积大于它们组成Mg(OH)2、CaCO3或CaSO4的容积时，就在阴膜浓水室一侧滞流层内产生沉淀或污垢。
防止和消除极化沉淀，有下列方法;①极限电流法。要严格控制电渗析器的工作电流，始终低于产生极化时的极限电流，从而避免极化的产生。②倒换电极法。定时倒换电极，使离子的迁移方向改变，从而使浓水、淡室也相应倒换，月2～4小时倒极一次，这样，即使有轻微沉淀也会得到消除。③清洗法。定期用1%～2%浓度的盐酸循环清洗1小时左右，并使沉淀物清除排出。④拆洗法。电渗析器经半年或一年运行之后，将装置拆开，把隔板和膜片等清洗干净。