电渗析设备除盐的工艺流程，应根据原水水质和对淡水水质要求及产量来确定。一般分为连续式和循环式两种。
(1)连续式连续式除盐也称一次除盐，或称直流式除盐。适于处理用水量大的工业用水。按其运行工艺不同，可分为一级一段、一级多段、多级多段等形式。一级一段是指原水一次流往膜堆内部并联的膜对以后，就完成了除盐过程，直接制出淡水。
一级多段是指原水一次流往膜堆内部串联的膜对以后，才完成除盐过程，制出淡水。多级多段是指原水依次流往多台一级一段的电渗析设备同时进行串联除盐，或者是原水流经中间设有几个共电极的电渗析设备，进行级多段串联除盐。
(2)循环式循环式除盐是指浓水和淡水分别通过各白的循环回路，进行循环除盐，达到要求的淡水水质指标，然后再换一批水进行循环除盐。或者，是以一部分淡水(或浓水)进行循环除盐，并连续向外供给淡水。可见，循环式除盐只适用于处理用水*不大的场合。