1、对离解度小的盐类及不离解的物质难以去除，例如，对水中的硅酸和不离解的有机物就不能去除掉，对碳酸根的迁移率就小一些。
2、电渗析器是由几十到几百张较薄的隔板和膜组成。部件多，状组技术要求比较高，往往因为组装不好，会影响配水均匀。
3、电渗析水处理是使水流在电场中流过，当施加一定电压后，靠近膜面的滞留层中电解质的盐类含量较少。此时，水的离解度增大，易产生极化结垢和中性扰乱现象，这是电渗析水处理技术中较难掌握又须重视的问题。
4、电渗析器本身耗水量还是较大的。虽然采取极水全部回收，浓水部分回收或降低浓水进水比例等措施，但本身的耗水量仍达20%～40%。因此，缺水地区，应用电渗析水处理技术受到一定限制。
5、电渗析水处理对原水净化处理要求较高，需增加精过滤设备。