电渗析除盐处理发生七个物理化学过程，情况如下：
(1)反离子迁移过程 ：
阳膜上的固定基团带负电荷，阴膜上的固定基团带正电荷。与固定基团所带电荷相反的离子穿过膜的现象称为反离子迁移。如在电渗析器中，淡室中的阳离子穿过阳膜，阴离子穿过阴膜进入浓室就是反离子迁移过程，这也是电渗析的除盐过程。
（2)同性离子迁移过程
与膜上固定基团台相同电荷的离子，穿过膜的现象称为同性离子迁移。由于交换膜的选择透过性不可能达到100％。因此，也存在着浓室中的阴离子会少量穿过阳膜，或阳离子穿过阴膜而进入淡室，数量虽少，但降低了除盐效率。
（3）电角质的浓差扩散过程
这是由于浓水室与淡水室的浓度差而引起的。其结果是由浓室的离子向淡室扩散。从而淡室的含盐量增加，降低了降低了除盐效率。
（4）压差渗透过程
由于浓、淡室的压力不同，由压力高的向压力低侧进行离子渗稼，因此，如果浓室的压力过高也会降低除盐效率。
(5)水的渗透过程
由于淡室中水的压力比浓室要大，因，会向浓室渗水，使产水量降低。
（6）水的电渗透过程
由于水中离子是以水合离子的形式存在，因引伴随时头着离子的迁移，故有水的电渗透发生，使淡水产量降低。
（7）在运行时，由于操作不良而造成极化现象，使淡水室大量的水电离，在直流电场的作用下，水电离产生的H+穿过阳膜，OH-穿过阴膜进入浓水室，在那里与Ca2+、Mg2+生成沉淀，也称为极化沉淀故此，不仅电耗增加，而且还会造成沉淀等后果。
由于淡室中水的压力比浓室要大，因此，会向浓室渗水，使产水量降低 。