操作电渗析设备须要做到设备先通水以后再通电，先停电后停水;否则就会烧坏设备。须严格按照上述的方法进行操作，否则有可能使未经过处理的水或浓水进入用户或下道工序或损坏设备从而导致较为严重的后果。每次开机前须要检查整流控制柜的电压调节状态，确保电压调节为零，否则开机时会造成大电流冲击而烧坏整流控制柜。
在使用电渗析设备的时候，要严格遵守以下事项：
1、水的预处理是保证电渗析器正常运行的因素之一，因此水进入电渗析器前必要的预处理，保证进入电渗析器的原水水质符合以下指标。浊度：≯3mg/l;含铁总量：<0.3 mg/l;含锰总量：<0.1 mg/l;色度<15度;含氧量：<3mg /l(kMno4);水温：5-40℃;污染指数：<7。
2、注意起动时，须先通水，后通电，停止时先断水，严禁停水不停电。
3、淡水流量与浓，极水流量的比例要调节适当，为防止浓水渗漏，浓水，极水的压力可适当减小，一般小0.2×9.38 ×104Pa。
4、视水质情况，电渗析器工作2-8小时后要调换一次电极。
5、膜堆上禁止放金属物件，以防产生短路。