首先，当水温升高后，在一些恒流量运行的系统中，我们会发现系统脱盐率有所下降。这是由于水温升高导致粘度下降而使水通量上升，如果继续保持恒流量运行，就会造成生产同样流量的水所需操作压力降低，操作压力降低就会造成脱盐率下降，后续脱盐设备的再生周期也会同时缩短。要维持系统脱盐率不变，就要采取恒压运行，但此时产水量会有所上升，而且随着温度的上升，产水量会不断增大。所以，在高水温条件下，对于系统性能的维护需要根据实际需求进行相应的调节。
然而，高水温对系统维护带来的问题绝不仅仅是这些，更大的危险来自于微生物污染。夏天的水温大多在15℃~30℃，而这个温度也是大多数细菌生长的适宜条件。随着水温上升，细菌代谢速率和生长速率都会相应提高。
微生物一旦进入RO系统，将借助RO浓水段浓缩的营养盐而繁殖生长，甚至在产水段也能存活。在水温较热的环境中，微生物繁殖迅速，几天之内便可在RO膜表面形成生物膜层，致使RO系统进出水间压差迅速加大，产水量与脱盐率快速下降，同时产品水被污染。生物污染导致卷式组件膜片叠缩，业界称之为“望远镜”现象。当发生了微生物污染，就要及时采取措施，对系统进行化学清洗。