反渗透系统会随着使用周期的延长逐渐出现污堵：诸如压力的上升，压差的上升，产水水质的恶化-脱盐率下降，以及产水流量的下降等。反渗透系统的性能需要依靠化学清洗来恢复。因此化学清洗的效果直接影响到膜元件本身性能的恢复以及能否长期有效满足运行条件。而影响清洗的效果取决于清洗方法的选择。
膜系统清洗时机的选择（与初始运行状况进行比较）
?系统某段的进水和浓水的压差上升到初始压差值的150％
?标准化的产水量降低了10%
?标准化的盐透率增加了20%
一般采用下列步骤来判断清洗的方法：
1、判断污染物种类；
2、依据性能表现判断污染程度；
3 、采取有针对性的清洗方法：包括清洗药剂，清洗液浓度，清洗液温度，清洗的时间等等。
需要特别注意的：
1、满足上述任意一项化学清洗条件即需要进行清洗。及时的清洗有助于膜系统稳定运行，并能降低运行成本。从运行经验来讲，尽量不要让压差超过3bar再清洗，避免污染物积累过多很难洗下来，甚至污染过重造成膜元件不可逆损伤。
2、详细记录每次清洗的方法，清洗条件以及清洗前后的运行数据。
包括清洗水温，清洗药剂浓度，pH控制，循环浸泡时间；
清洗前后的各段压差，水量，产水水质变化;
针对性药剂的选择建议通过水质分析进行判断;
冬季时，清洗液加温系统的有效性也会影响清洗的效果，建议采用加温速度快的方式，避免冲洗时水温温差过大，无法连续冲洗;
3、清洗时进膜压力建议不超过0.2MPa。
4、化学清洗后的冲洗步骤比较重要，将影响清洗效果。
建议冲洗要完全。
即膜装置浓水排放口的电导不超过清洗水电导的1.5倍或近似相同即冲洗完成;
注意冲洗水的水温与清洗水温不要过大。建议温差低于5℃，避免二次污染。
5、化学清洗完成后须对清洗系统进行冲洗。
冲洗的效果参考第4点中所述：检测电导值。由于大部分系统的清洗装置是UF和RO共用，尤其需要注意氧化性药剂泄露。
6、建议碱洗后进行一遍酸洗，可有效提高产水水质。
对于二段无机结垢，建议*行酸洗，再碱洗。避免结垢物因冲洗划伤膜表面，造成不可逆的物理损伤。