电渗析器具有工艺简单，除盐率高，制水成本低、操作方便、不污染环境等主要优点，广泛应用 于水的除盐，具体应用在如下场合：海水及苦咸水淡化，根据我单位的试验资料，可将含盐量高达60克/升的苦咸水淡化成饮用水，解决沙漠地区的饮用水源。制取软水，（水的电阻率为105欧姆一厘米），可供低压锅炉给水，不需要食盐再生，还可节煤20%左右。
深度除盐水及高纯水的前级处理，采用电渗析一离子交换法，扩大了原水适用范围，广泛应用电力、电子、化工、制药、科研化验等场合、降低制水成本50%以上。节省离子交换法再生用酸碱80%左右，延长再生周期五倍以上。用于饮料食品工业的提纯，使啤酒、汽水的质量提高，为创*名牌产品创造了条件。电渗析器还可用于化工分离，浓缩及工业废水处理回收率。
选择经济合理的电渗析除盐方式，是设计电渗析除盐处理工艺的一个重要部分。一般应根据原水水质、用水水量、水质、水压和电渗析的除盐效率以及场地大小等因素，通过技术经济比较后确定。常用的除盐方式有循环式、直流式和部分循环式三种。
循环式除盐：是一种间歇操作。由原水池取一定量的原水，以较快的流速，循环进出电渗析器，每循环一次出去部分盐分，经过多次循环，当淡水池的这批水的质量达到要求后，将淡水放入淡水池以供应用。然后再换进新的原水，再进行循环操作，这种方式的优点是：不管原水浓度如何变化，可将原水处理到要求的任一水平。而且流速大，除盐速度快，电渗析器体积较小。缺点是：不能连续制得淡水，辅助设备多，动力消耗大，电流效率低，耗电量大。随着除盐过程的进行，要逐渐降低电流密度，操作较麻烦。所以，循环式除盐，一般只适用于制水量小，原水含盐量高，而出水水质要求也较高的小型装置上。
直流式除盐：是一种连续式的操作，原水池的原水进入电渗析器后，出来就是符合要求的除盐水。由于需将原水含盐量一次除至所要求的含量，所以原水须在电渗析器停留足够的时间，为此，可通过增加流程，即使用数个电渗析器进行串联，或多增电渗析器本体内部的串联段数的方法来实现，这也称多级多段一次除盐，这种方式的优点是：操作简单，可连续获得淡水，辅助设备少，动力消耗较小。缺点是：对原水含盐量变化的适应性差，全部地离子交换膜不能在同一*佳的工况下运行。
部分循环式除盐：是循环式和直流式相结合的一种方式，它也是连续式操作。原水进入电渗析器，出口的淡水分两部分，一部分提供使用，一部分淡水回流到原水池，与原水混合，使原水含盐量适当降低，再进入电渗析器，再次除盐。部分循环式除盐的优点是：可以连续制取淡水，并可用定型设备来适应不同的水质、水量的要求，对于原水水质变化的适应性也较强。其缺点是：管路系统复杂，辅助设备较多。所以，这种方式适用于除盐率要求高、规模大的千吨以上电渗析水厂