给水总含盐量TDS、需去除的主要离子(钙、镁、钠、钾、铵、硫酸根、重碳酸根、氯、氟、硝酸根和二氧化硅)的浓度，是反渗透系统设计的基本依据。
给水温度对反渗透系统的产水量和脱盐率影响很大，在相同操作压力下，水温每变化1℃，产水量相应变化3%。当温度较低时，脱盐率增加。
给水pH值亦对
反渗透系统的脱盐率有影响，较低的pH值常使得产水电导偏高。此外，一般情况下，反渗透产水的pH值均小于进水的pH值。
给水浊度及污染指数SDI可以反映给水的污染程度，据此确定反渗透预处理工艺的复杂程度。较高的给水浊度（＞0.5NTU）及SDI15(＞3)会降低反渗透系统的产水通量、增加反渗透系统的清洗频度并会降低膜元件的使用寿命。
给水中硬度较高时，为防止给水在反渗透膜元件中结垢，应在预处理系统中增加软化工艺。
反渗透系统设计要点
强化预处理系统是保证反渗透系统良好运行的关键，预处理良好的系统，可增加反渗透设计产水通量，推荐使用超滤膜作为反渗透系统的预处理。
为提高反渗透系统的水利用率(回收率)并降低浓差极化，膜元件的排列应尽量多用串联方式，少用并联方式，要保证每支压力容器的*大进水量小于3.6m3/h，*小浓水流量大于0.7m3/h，一级RO系统，每支4英寸膜元件的产水量不大于0.25m3/h，必要时可采用部分浓水回流设计。
反渗透系统的水利用率(回收率)设计上限取决于水中难溶盐的饱和指数，在不加阻垢剂时，一般应保证反渗透浓水的朗格利尔指数LSI≤0。
反渗透系统的操作压力取决于给水含盐量(渗透压)、水温和产水通量。一般设计压力范围为7～16 bar，膜元件的*高耐压为41.6 bar。