1.控制进水水质
为了防治ED膜堆污染与堵塞，保证其*稳定运行，我国提出了ED的进水水质指标如下：
（1）水温 5~40℃
（2）耗氧量（KnMO4法） <3mg/L
（3）游离氯 <0.2mg/L
（4）铁 <0.3mg/L
（5）锰 <0.1mg/L
（6）浊度
隔板厚1.5~2.0mm时， <3mg/L
隔板厚0.5~09.mm时， <0.3mg/L
（7）淤泥密度指数SDI <(3~5)
2.控制工作电流
电渗析器的工作电流应控制在极限电流密度以下运行，这样可以有效地防止浓差极化，从而减少沉淀和结垢。
3.定期倒换电极
实践证明，定期倒换电极的极性，是防止和消除电渗析器内部结垢的有效措施。目前已成为电渗析运行的例行操作。一般情况下，极化结垢大多发生在浓室的阴膜面上，也就是说发生在“阴膜的阳极面”上，倒换电极后，浓、淡室相应发生变化，即原来的浓室成为淡室，而淡室成为浓室，原来在阴膜上的沉积物逐渐溶解（或者说促使沉淀脱落），而在阴膜的另一面上又渐渐沉积起来。定期倒换电极，造成了沉淀水垢的不稳定状态，因而起到了减轻结垢的作用。同时，结垢物松散或脱落，呈碎片状也会随水流冲走。电极由于倒换极性后，也会产生类似现象，这样做有利于延长电渗析器的连续运行。一般运行经验证明，根据水质的不同情况，倒换电极周期在2h~24h。
4.定期酸洗
电渗析运行一定时间后，总会有少量的沉淀水垢产生，累积到一定程度后，即使用倒换电极法也不能有效地除去，此时一般可用酸和碱进行清洗。
膜上大部分结垢物是碳酸钙和氢氧化镁，通常可用酸洗溶解清除。硫酸盐结垢（CaSO4），应采用盐酸清洗，盐酸浓度一般以1%~3%为宜，酸洗方式一般用耐酸泵进行循环清洗。
5.其他防止和消除极化结垢的措施
在电渗析处理苦咸水时，还可采用向浓水中加酸或其他隐蔽剂的方法，采用施加直流脉冲电流等的方法，来防止和消除极化和结垢。
向浓水和极水中加人少里的酸，使pH值降至3.5~4.8左右或更低，可有效地防止电渗析过程中膜的结垢。向浓水和阴极水中加人隐蔽剂，例如六偏磷酸钠和羧甲基纤维素等，它能与Ca2+、Mg2+络合而隐蔽起来，提高硫酸盐的过饱和浓度，防止形成结垢物。加酸或加化学隐蔽剂都应结合水质进行试验，以确定*佳投量。