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电渗析（ED）水处理工艺流程中，其主体处理单元是电渗析器，但它可与离子交换结合，相辅相成发挥各自的效能，达到合理的技术经济效果，满足使用要求。也就是说，根据具体情况，可以有不同的水处理工艺流程。
预处理—电渗析水处理工艺流程：
这种流程是目前国内外广泛采用的工艺流程，主要用于海水和苦咸水的淡化，制取工业用初级纯水、蒸汽机车用淡水，也可用于直接制取低压锅炉用水。电渗析处理再加消毒，可供生活饮用水。消毒后再经过活性炭，用来制取饮料用水。
2）预处理—电渗析—离子交换水处理工艺流程：
原水 → 预处理 → 电渗析器 → 离子交换 → 生产用水
这种水处理工艺主要用来制取工业用除盐水、纯水和内燃机车冷却用水。在这里电渗析作为离子交换的前级处理，任务是去除原水中的绝大部分盐分，剩下的少部分盐份由离子交换进一步去除。根据对用水水质的要求不同，离子交换可以是单床、副床、混合床或各种不同的组合型式。
3）预处理—离子交换—电渗析水处理工艺流程：
原水 → 预处理 → 离子交换 → 电渗析 → 生产用水
这种工艺流程，在电渗析前设置离子交换，主要是去除原水中的易结垢的硬度离子，防止在电渗析器内产生沉淀结垢，而影响正常运行。这里的离子交换只起软化作用，采用钠型离子交换剂就可以了。
电渗析的浓水，可以代替食盐再生液，再生钠离子交换剂。但在选择这种用浓水作为再生液的方案时，首先应对原水水质进行充分调查，通过试验来评价和验证电渗析浓缩后的浓水，再生离子交换剂的可能性。