在运行过程中，由于反离子在高纯水设备膜内迁移速度大于在溶液中的迁移速度，因而淡水室膜面的溶液浓度下降，并与主体溶液形成浓度梯度。当工作电流增至一定值时，高纯水设备淡水室膜面的溶液浓度几乎下降为零，致使水分子大量电离，使H+和OH-一起传递电流的作用，这一现象称为极化。
极化的危害
降低电流效率
极化导致水分子大量解离，在电场作用下，水的解离造成H+和OH-离子的迁移，可见其部分电能消耗在与脱盐无关的离子迁移上，使电流效率下降。
降低除盐率和产率
极化时水解离产生的OH-迁移到浓水室一侧，并在扩散层富集，水的PH值升高，呈碱性。同时水内层的在电场作用下也透过阴膜到达浓水室一侧，富集在扩散层，浓水室的在电场作用下向阴极移动但被阴膜挡住，并在扩散层富集。因此，在阴膜扩散层会发生沉淀反应，产生沉淀形成水垢，使高纯水设备膜的电阻增加，除盐率下降，严重时还会降低高纯水设备产水量。淡水PH值下降
解决方法
1.控制操作电流，以避免极化现象的发生，减缓水垢的生成；
2.定时倒换电极，使浓、淡室亦随之相应变换，这样，阴膜两侧表面上的水垢，溶解与沉积相互交替，处于不稳定状态；
3.定期清洗，用适量浓度的水处理剂进行循环清洗以消除结垢，清洗周期视实际情况而定。