1、EDI功能段灭菌程序：EDI系统前的阀门不需要调节，和工作状态下一样。2#淡水箱的水通过板式换热器自动从36阀门处排出，过2—3分钟后关闭36阀门，启动EDI水泵过2—3分钟关闭47.48两阀门让其自动循环。把全自动温控温度设定在≥80℃之间，打开5.6.7阀门和蒸汽阀门：给水加温过程10分钟关闭7阀门。当水温控制在≥80℃以上时对EDI系统灭菌30分钟，30分钟以后（先关闭蒸汽阀门）停止EDI水泵让其系统自动冷却至常温才可以进冷水，并调节阀门至运行状态时的样子。
2、二级RO功能段灭菌程序:启动淡水泵和二级高压泵让其自动循环并打开蒸汽阀门，当水温加热到≥80℃时开始记时，对二级RO系统灭菌30分钟后先关闭阀门后停二级高压泵再停淡水泵，阀门和2#计量泵处于自动状态。
3、预处理与一级RO功能段灭菌程序：打开机械过滤器中操作屏上的总进水阀，正洗阀和活性炭过滤器操作屏上的正洗阀、出水阀和1.10.18.19.28.25阀门,微开14阀门，关闭其他预处理和RO主机上的所有阀门，启动原水泵和一级高压泵，当水温加热到≥80℃时开始记时对预处理和一级RO系统灭菌30分钟，灭菌完成后关闭蒸汽阀门；调整所有阀门到正常运行状态。