通常由原水预处理系统、反渗透纯化系统、超纯化后处理系统三部分组成。预处理的目的主要是使原水达到反渗透膜分离组件的进水要求，保证反渗透纯化系统的稳定运行。反渗透膜系统是一次性去除原水中98%以上离子、有机物及*微生物（理论上）*经济*的纯化方法。超纯化后处理系统通过多种集成技术进一步去除反渗透纯水中尚存的微量离子、有机物等杂质，以满足不同用途的*终水质指标要求。
1、了解自己的用水品质，即我们常说的水质的电阻值或电导率是多少。目前实验室用水有专用的国家标准GB6682-2008，其对实验室用水中的一、二级用水对电导（电阻）、可氧化物、吸光度、可溶性硅及蒸发残渣作了要求，其参照标准为ISO3696:1987，是目前国际通用的标准。
2、客户可以根据使用的仪器种类来选择国产实验室高纯水设备。液相用水的电阻大于18兆欧；并且要去除有机物；原子吸收、原子荧光及环境监测仪器用水大于18兆欧就行；PCR等生命科学仪器用水除了电阻大于18兆欧以外，还需除菌，除有机物，除热源。
3、原水水质也是须考虑的因素之一。比如泥沙多，硬度高，地下水等情况，国产高纯水设备的工艺是根据原水水质的好坏来确定的，泥沙多，要添加预处理装置，硬度高，要添加软化装置，含盐量高，要采用二级反渗透工艺等。如果选用以纯水为水源的超纯水机，则只需要提供水质需求和用水量就可以了。
4、实验室纯水系统设计还应考虑的因素是：纯水系统的供货商是否有能力进行整体纯水系统的设计、工程指导、技术支持、售后服务以及系统的验证校验支持。